Yosemite のインストーラは、UNIX的なMacの使い方をしている場合にインストールに非常に時間がかかる、ということが報告されています。
(TeXLiveまたはMacTeXを使用している場合も含みます。)
http://internet.watch.impress.co.jp/docs/news/20141020_672098.html
時間がかかってもよいのであれば、それでもよいですが、
時間を短縮する方法としては、
A. /usr/local以下を消す
B. /usr/local以下をいったんホームフォルダなどに退避させ、インストール後に戻す
とするのがよいかと思います。
私自身は、/usr/local/texlive/texmf-local だけを退避させた上で /usr/local/texlive を消してから Yosemite にアップグレードしました。