このトピックに返信がないようなので、間延びしてしまいましたがコメントします。
私自身もそういうマルチスクリーンの PDF プレゼンテーションツールを探索していて、例えば
https://github.com/thefranke/pdf-presenter
及びその説明文中の Related Projects が参考になるかもしれません。
私自身まだ何も試していませんが、何か有用そうなものがあればお知らせいただきたい次第です。
# いずれも何かしらのインストールが必要そうなのは難点ですが…
追記：もう一つリンク。
http://tex.stackexchange.com/questions/84622/is-there-a-specialized-pdf-viewer-for-latex-beamer-presentations-on-linux