でびまるです。Mac に Linux がインストールできなくて
Mac 使い始めた初心者ですが普通に TeXworks インストール
しただけだと texlua が見付かりませんでした。
/etc/paths.d での設定はターミナルにしか効かないような
気がします。ターミナルで open -a TeXworks したときだけ
問題ないのではないでしょうか。
Launchpad から起動したときは /etc/launchd.conf で設定
というのがネットで良く見付かりますがこれは Mavericks
までとかで Yosemite だとスクリプトエディタで設定して、
云々、とからしいです。詳しくは
http://www.cryse.org/mac-environment-variable/
これで解決したように重います。
違う気もしますが参考になれば。