すでに出ている話題だとは思うのですが，別スレッドの記事で出現したときにすぐに気が付かなかったので，改めて報告しておきます．
.tex ソースファイルに日本語ファイル名を付ける場合は，TeX Live 2013（美文書第6版に含まれるものも）でタイプセットするときに，-jobname に拡張子を除いたファイル名を与えるようにしておいたほうが，ファイル名に Shift_JIS の通称「バカ文字」が入っていたときにも正常にタイプセットできるようです．TeX Live 2014 で試したところでは解決しているので，そのうち気にしなくてよくなりそうです．
TeXworks での「タイプセット」の設定画面を添付しておきます．
TeX Live 2014 では，添付の ptex2pdf.lua.diff
を ptex2pdf.lua にあてておけば，
ptex2pdf -u -l 表題
のように， uplatex, uptex の場合も漢字ファイル名
が使えます。
を ptex2pdf.lua にあてておけば，
ptex2pdf -u -l 表題
のように， uplatex, uptex の場合も漢字ファイル名
が使えます。