TeX Live 2014 (x86_64-linux) の LuaTeX と XeTeX で
次のソースを処理してみました．
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\ifdefined\directlua\input luaotfload.sty\fi
\font\G=KozMinPr6N-Regular:+palt;-kern at 100pt
\hbox{\G \vrule とつ\vrule}
\font\G=KozMinPr6N-Regular:+palt;+kern at 100pt
\hbox{\G \vrule とつ\vrule}%
\end
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・すると，XeTeX では kern feature を有効にすると
「つ」が左にずれ，その分だけ「とつ」の幅が変化します
（見やすくするために周囲に罫線を入れました）．
・一方，LuaTeX で処理すると「つ」は左にずれますが，
「とつ」全体の幅を見ると変わっていません．
・また，フォントを KozGoPr6N-Regular に変えると
XeTeX, LuaTeX でも結果は同じになりました．
なお，XeTeX の場合，タイプセットはされましたが，Invalid fontname
なるメッセージが (Windows では?) 出るのでソースは以下のほうが
良いと思います:
\ifdefined\directlua\input luaotfload.sty\fi
\font\G="KozMinPr6N-Regular:+palt;-kern" at 100pt
\hbox{\G \vrule とつ\vrule}
\font\G="KozMinPr6N-Regular:+palt;+kern" at 100pt
\hbox{\G \vrule とつ\vrule}%
\end
なるメッセージが (Windows では?) 出るのでソースは以下のほうが
良いと思います:
\ifdefined\directlua\input luaotfload.sty\fi
\font\G="KozMinPr6N-Regular:+palt;-kern" at 100pt
\hbox{\G \vrule とつ\vrule}
\font\G="KozMinPr6N-Regular:+palt;+kern" at 100pt
\hbox{\G \vrule とつ\vrule}%
\end