Kakuto さん返信ありがとうございます．
> kpsewhich -format=cmap UniJIS-UTF16-H
c:/w32tex/share/texmf-dist/fonts/cmap/adobemapping/aj16/CMap/UniJIS-UTF16-H
で UniJIS-UTF16-H の場所を確認してファイルの中を見ると
U+301C も U+FF5E も同じ CID 665 にマップされていました．
ZR さんの解説
を参考にして msmingoth.map の
uprml-h UniJIS-UTF16-H :0:msmincho.ttc
を
uprml-h unicode :0:msmincho.ttc
に修正した msmingoth_wave_dash.map を作成して
dvipdfmx -f msmingoth_wave_dash.map wave_dash.dvi
を実行したところ波ダッシュが表示されました．
Kakuto さん，ZR さん，わかりやすい解説ありがとうございました．