コンソールウィンドウを確認するためにもう一度タイプセットしたところ、今回は何故か正常に文字化けせずに出来ました。一応ログを掲載すると
Latexmk: This is Latexmk, John Collins, 10 Nov 2013, version: 4.39.
**** Report bugs etc to John Collins <collins at phys.psu.edu>. ****
Latexmk: Removing all generated files
Rule 'latex': Rules & subrules not known to be previously run:
latex
Rule 'latex': The following rules & subrules became out-of-date:
'latex'
------------
Run number 1 of rule 'latex'
------------
------------
Running 'platex -synctex=1 -recorder "hogehoge.tex"'
------------
Latexmk: applying rule 'latex'...
This is e-pTeX, Version 3.1415926-p3.4-110825-2.6 (utf8.euc) (TeX Live 2013)
restricted \write18 enabled.
entering extended mode
(./hogehoge.tex
pLaTeX2e <2006/11/10> (based on LaTeX2e <2011/06/27> patch level 0)
Babel <3.9g> and hyphenation patterns for 78 languages loaded.
(/usr/local/texlive/2013/texmf-dist/tex/platex/jsclasses/jsarticle.cls
Document Class: jsarticle 2013/05/14 okumura
) (./hogehoge.aux) [1] (./hogehoge.aux) )
Output written on hogehoge.dvi (1 page, 292 bytes).
SyncTeX written on hogehoge.synctex.gz.
Transcript written on hogehoge.log.
Latexmk: Log file says output to 'hogehoge.dvi'
Rule 'dvipdf': File changes, etc:
Changed files, or newly in use since previous run(s):
'hogehoge.dvi'
Non-existent destination files:
'hogehoge.pdf'
------------
Run number 1 of rule 'dvipdf'
------------
------------
Running 'dvipdfmx -o "hogehoge.pdf" "hogehoge.dvi"'
------------
Latexmk: applying rule 'dvipdf'...
For rule 'dvipdf', running '&do_viewfile( )' ...
hogehoge.dvi -> hogehoge.pdf
[1]
5035 bytes written
Latexmk: All targets (hogehoge.pdf hogehoge.dvi) are up-to-date
となっていました。正常に出来てしまった以上、理由を見つけるのは困難かもしれませんが可能性としてあり得るのはどういったことでしょうか？
今後再び和文文字が?に化けるようなことが再び起きたらまたこちらの方で質問することがあるかもしれませんが宜しくお願いします。
今回はありがとうございました。
