返信ありがとうございます。
とりあえず、自己解決いたしました。
見落としていたのですが、
MacTeX 2012 on Mac (snow leopard)
のコメント欄にて、すでに同様の問題が報告されていました。
TeXworks-0.4.5 を使用していると日本語が表示されなくなるようです。
そこで、TeXworks-0.4.4 に変えたところ、
無事日本語が表示できるようになりました。
ちなみに、今年の4月時点にはこの不具合はすでに報告されているようです。
Issue 623: Built-in PDF viewer cannot display Japanese characters correctly.