\documentclass{jarticle}
\pagestyle{empty}
\begin{document}
$C_i$
\end{document}
のような数式を e-pTeX 3.1415926-p3.3-110825-2.5 (utf8.euc) (TeX Live 2013/dev) でコンパイルし、dvipdfmx で PDF 化した後、Adobe Illustrator CS6 (16.2.1) に読み込ませると、
フォント CMMI10 が見つかりません。このフォントを使用しているテキストは代替フォントで表示されます。
フォント CMMI7 が見つかりません。このフォントを使用しているテキストは代替フォントで表示されます。
というメッセージが出て、代替フォントで表示されます。cmmi10.{afm|pk|mf|tfm|pfb|pfm|pl} といったファイルは /usr/local/texlive/2013/texmf-dist/ 以下で見つかるのですが、otf, ttf ファイルでないため Illustrator の fonts ディレクトリに入れてもダメかと思われます。以前 bakoma を入れてみたのですが、Illustrator からは bkm-* といったフォント名で認識されるため、いちいちフォントの置換をせねばならず面倒だったりします。dvips -E -Ppdf で eps ファイルにして Keynote に貼り付けとかは問題なくできるのですが、Keynote では手の届かない痒いところの編集をしたいと思うと Illustrator は手放せません。
Mac 版に限った話ではないと思いますが、Illustrator で数式をいじる時に皆様はどのような手法を採られているのでしょうか。