TeX Live Unix 版では、W32版で採用している土村さんの方法は 見送られていますが、かわりにほぼ同等なやはり土村さんによる、 元々のフィルタによる方法が採用されています。 これは texmf.cnf における変数 PTEX_IN_FILTER で制御します。デフォルトでは何も記述してないと思います。 フィルタを使用しないときの値は PTEX_IN_FILTER = no とします。no でない値はフィルタと見なされますので注意が必要です。 PTEX_IN_FILTER = /usr/bin/nkf -w とすると、/usr/bin に nkf が存在しなければいけませんが、 UTF-8 に変換しながら読むことになると思います。 W32版では、簡単のためフィルタ機能は省いています。