> ** WARNING ** CMap have higher supplmement number. このWarning は、私のところのデフォルト設定では出ませんが、 dvipdfmx が参照している、map ファイルが、 ヒラギノProN のものではなくて、他のものになっているからです。 TeX Live で、どの kanji map files を使用するのかを設定する 方法をよく調べて、設定してください。 設定なしで、コマンドラインで dvipdfmx -f uptex-hiragino-pron.map -f otf-up-hiragino-pron.map dviname としても良いと思います。