ptex2pdf.lua version 0.2 で euptex が使用できません.
以下の様な TeX ファイルを作成しました.
\ifdefined\ucs
Happy e-upTeXing!
\fi
\bye
>ptex2pdf -e -u test.tex
This is ptex2pdf.lua version 0.2.
Processing test.tex.
This is upTeX, Version 3.1415926-p3.3-u1.11 (utf8.uptex) (TeX Live 2012/W32TeX)
restricted \write18 enabled.
(./test.tex
! Undefined control sequence.
l.1 \ifdefined
\ucs
?
ptex2pdf.lua の 112行目にある
tex = "uptex"
を
tex = "euptex"
に修正したところタイプセットできるようになりました.