奥村先生，角藤先生
山下です．ご回答ありがとうございました．
「文書の印刷及び編集を制限」でファイルが壊れるのは私だけのようですね．TeX 側に問題があるのかと思ったのですが．
と言いますのも，私の PC で Word 2010 や Excel 2010 から作成した PDF，あるいはネットからダウンロードした PDF に「文書の印刷及び編集を制限」をかけた場合（パスワードで，Acrobat 7 以上互換），問題なく制限されたファイルが見られるのです．パスワードでセキュリティをかけてファイルが壊れるのは TeX ファイルを dvipdfmx で処理して作成した PDF だけなのです．
普段，秀丸エディタと祝鳥（0.87r2）を通じて dvipdfmx を動かしているのですが，念のためコマンドプロンプトからも dvipdfmx を動かしてみました．やはり，ファイルは壊れたようです．
自分でも原因を調べてみますが，もし何か原因が分かりましたらお教え頂きたく，お願い致します．