メールでいただいた情報です：
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さて Skim の記事
http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/texwiki/?Skim
の中で，
“dvipdfmx が標準的な場所にないときは
defaults write -app Skim SKDviConversionCommand -string\
/path/dvipdfmx
で設定します”とありましたが，私の場合うまく行きませんでした。
書き込む対象を考えましたが，どうも
~/Library/Preferences/net.sourceforge.skim-app.skim.plist
のではなかろうかと見当をつけ，このプロパティ・リストと skim
をキーにして検索をかけたところ，解決策が大本の情報に書いてあり
ました。
http://sourceforge.net/apps/mediawiki/skim-app/index.php?title=Hidden_Preferences#Opening_DVI_Files
の“Hidden Preferences”に設定のやり方が書いてあります。
記事のコマンドがうまく行かないときは，Hidden Preferences の
示唆に従い
defaults write net.sourceforge.skim-app.skim \
SKDviConversionCommand -string /path/dvipdfmx
と指定すればプロパティ・リストの中に SKDviConversionCommand
とその情報が書き込まれていました。もちろん，期待どおり動きます。
ご存知かもしれませんが，困っているユーザーもいるかもしれません
ので，よろしくお願いいたします。