\papersize{papersize=127mm,89mm}
の代わりに
\usepackage[papersize={127mm,89mm}]{geometry}
を書いて実行してみたところレターサイズで左上に127mmx89mmのグラフが表示される結果となりました.そこで,
\papersize{papersize=127mm,89mm}と\usepackage[papersize={127mm,89mm}]{geometry}
両方書いて見たところ127mmx89mmのPDFが出来上がりました.なぜ両方ないと悪いのかという
検証は,TeXの知識が足りないためできませんが...
あと,文字化けの件もエンコーディングをUTF-8にすることで解決しました.
以下にソースを示させていただきます.
\documentclass{article}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{xltxtra}
\usepackage[atend]{bookmark}
\pagestyle{empty}
%\special{papersize=127mm,89mm}
\usepackage[papersize={127mm,89mm}]{geometry}
\begin{document}
\bookmark[page=1,level=0]{ページ}
\includepdf[pages=-]{1page.pdf}
\end{document}
なお,xelatexは3.1415926-2.2-0.9995.2 を使っています.