角藤さんの W32TeX を Windows XP Home SP3 の環境で使っています。
暫く前に、
TEXMFHOME = ~/texmf
の設定が初期設定で有効になってから、mktexlsr を実行すると、$TEXMF, $TEXMFLOCAL 以外に、$TEXMFHOME も ls-R を作成していました。
($TEXMFHOME で指定したディレクトリが無くとも、作成を試みてはいた)
しかし、2010/03/25 日あたりのアーカイブ以降、$TEXMFHOME で作成されません。$TEXMF, $TEXMFLOCAL は作成されます。
タイプセットにおいては、$TEXMFHOME も検索しているようなので、実用上殆ど問題がありませんが。
フルインストールをしていませんが、何か必須のパッケージが増えたのでしょうか?