ご回答ありがとうございます。
試行錯誤した結果、emathPが原因だと思われます。
\usepackage{emathP}をコメントアウトすると、安定しました。
ルビが入ることで行間が崩れる様子を端的に示すサンプルです。
\documentclass[a4paper,10pt, twocolumn]{jarticle}
\usepackage{okumacro}
\usepackage{emathP}
\begin{document}
\section*{ルビによる行間の乱れの確認}
% 比較のためにルビのないテキスト
通常、ルビがない状態では一定の行間でテキストが配置されます。
% ルビがあるテキスト（ここで問題が発生する）
しかし、ここに「\ruby{漢字}{かんじ}」のようなルビが入ると、その行だけが上に押し広げられ、
前後の行と比較すると、特定の行間だけが広く空いて見えます。
\end{document}