今日更新されたLaTeX2e <2025-11-01>でluatex-ja（2025-10-27）を使用しています．
標題のとおり，luatexja-presetで日本語フォントを指定した上で，mainfontに特定のフォント（こちらでテストしたのはTeX Gyre TermesとNimbus15の2種類：実際に使用したいのはTeX Gyre Termes）を指定すると，二重引用符「``」「''」がおかしくなります（というか，入力どおりに出力されます）．
luatexja-fontspecではこの現象は生じません．
luatexja-presetを使いたいのは，オプションでdeluxeを指定したいためです．
また，ドキュメントクラスはjlreqとltjsarticleの両方で試しましたが同じ結果ですので，クラスファイルの問題ではなさそうに思います．
ワークアラウンドとして二重引用符を全角文字で入力すれば良さそうですが，根本的な対策はできないものでしょうか？
# luatejaのGitHubに投げた方が良いのはわかっているのですが
以下にサンプルを添付します．
本来mainfontの設定はプリアンブルで文書全体にかけているのですが，問題再現サンプルとして本文中に \setmainfont{} を入れています．