TONE Kozaburoさん、kuroky +さん、
ご返事ありがとうございました。
graphicx.sty と \includegraphicsの組み合わせに変えてみまて、よくなった気がしますが、エラーがやはりまだ出たりしています。しかし、エラーが出る場合を少し絞ることができました。
変換したい TeX ファイルをMeadowで開いて、そこからMeadow内の shell を M-x shell で起動するとデフォルトでその TeX ファイルのフォルダで開きます。そのフォルダ内でコンパイル・PDFへの変換するとエラー無し無事に通りますが、cd で別のフォルダに一回移動したあと、移動先のフォルダでコンパイル・PDFへの変換をしようとするといつものエラーがでます。例えば ~/aaa/ を最初のフォルダとして、 cd ../aaa/ と同じフォルダに移動したとしても、変換のときエラーが出ます。
Meadow内ではエラーがでるのにcygwinのターミナルではでないというのはMeadowのshellのpathの管理になにか問題があるのではないかと思います。その内Meadowの再インストールを試してみたいと思います。それまではcygwinまたはdvioutのdviprtで我慢しようかと思います。
また、上記の問題が特定の画像でしかでないというのは、やはりフォントにも関連しそうなので、今後Matlabで図を作る時にフォントの指定をMatlabに任せず厳密に指定していこうかと思います。
一般性のなさそうななぞで、あまり勉強にならない問題で申し訳ありません。貴重なお時間をさいていただきありがとうございました。