以前、uline--.styをlualatex用に移植しようとして、同じような現象に出会った記憶があるのですが、その折、uline--.styの943−951行の
\ifdim\@tempdimb>.3\p@
\advance\@tempdimb-.28\p@
\dimen@\@tempdimb \divide\dimen@ 16384\relax%%% 16384sp = .25pt
\count@\dimen@
\advance\count@\@ne
\dimen@.25\p@ \advance\@tempdimb-\count@\dimen@
\@whilenum\count@>\@ne\do{\advance\count@\m@ne \copy\z@}%
\kern\@tempdimb \copy\z@
\fi
をコメントアウトするとうまくいったように記憶しています。作者の吉永さんによると、「太い波線の出力時に「波線のパターン」として用いる文字を少しずつずらして重ね打ちする処理」だそうで、これをコメントアウトすると波線の太さが変更できなくなるようです。私は最終的に \advance\count@\@neの後に、\kern-3.75\p@を加えて使っており、それで問題は起こらなくなりましたが、果たしてこの-3.75ポイントという値が適正かどうかは判断できません。