確認しました．（uplatexのみで試していました．）luatexja-adjustでの行末文字の位置調整をしている影響のようで，例えば\ltjenableadjust[lineend=true]と入れると空行は消えます．（jlreqでは\ltjenableadjust[lineend=extended]．）ただ行分割時に二行目が空っぽの行になっているように思えるので不思議に思っています．
（lineend=extendedにした理由は忘れてしまいました．lineend=trueの方が優秀に思える……．）
阿部様
\ltjeableadjust[ lineend = true ] で解決できました！
ありがとうございます．
参考になるかは分かりませんが 1 点ご報告を．
初めの質問で挙げたサンプルでは脚注の最後に \kern -5\zw \quad などで行末を戻すことにより
空行が入るのを回避できていましたが，さらに行末が詰まるとこれでも回避できないパターンもありました．
(lineend = true でこちらも回避できています．)
このようなパターンだと改行禁止のスペース ~ などを加えても問答無用で次の行に送り込まれましたが，
これも lineend = extended の影響のようでした．
検証にご協力いただいた皆様もありがとうございました．
\ltjeableadjust[ lineend = true ] で解決できました！
ありがとうございます．
参考になるかは分かりませんが 1 点ご報告を．
初めの質問で挙げたサンプルでは脚注の最後に \kern -5\zw \quad などで行末を戻すことにより
空行が入るのを回避できていましたが，さらに行末が詰まるとこれでも回避できないパターンもありました．
(lineend = true でこちらも回避できています．)
このようなパターンだと改行禁止のスペース ~ などを加えても問答無用で次の行に送り込まれましたが，
これも lineend = extended の影響のようでした．
検証にご協力いただいた皆様もありがとうございました．