単なる言い訳です．
hyperref関連のものはいろいろダメだといってもらいながら放置しています．場当たり的な対処はできるのですが，正しい方法での対処が不明なものが多く，したがってやる気も出ずという感じです．今回の件についてはnamerefのマニュアルをみるとそれなりに何をするべきか書いてあるように見えるので（それでもいまいち曖昧ですが）何とかなるかもしれませんので，自分のやる気が出ることに期待するかPRを送ってください．
（こういう事情もあるのでLaTeXのフックシステムに対応させておこうと思った記憶もあるのですが，これもやっていませんね．）
いずれにせよGitHubの方に残してもらった方が流れなくてよいかもしれません．