私も同じようなことを考えていたので書きこんでおきます．
まず，FCGIを動かすためにApacheのバージョンはある程度古くないといけないようです：
http://kuma.mine.nu/archives/2010/04/windows%E3%81%AEapache%E3%81%A7fastcgi%E3%82%92%E5%8B%95%E3%81%8B%E3%81%99%E3%80%82.html
また，オリジナルのimgTeXではsystem関数を使ってLinuxのコマンドを呼び出しているので，これをWindowsにおけるcmdのコマンドに置き換えなければなりません．
imgtex_fcgi.txtをリネームしたimgtex.fcgiに対して次のような書き換えを実行すると，とりあえず動作してくれました．
1行目:
#!usr/bin/perl
↓
#!c:/perl/bin/perl
90行目:
if (system("ulimit -t 10 -f 1024 -c 0; cd $tmpdir ; latex '\\nonstopmode\\input' t.tex > /dev/null 2>&1 ; case \$? in 0) dvipng -q -D $res -T tight -M -pp 1 --noghostscript t.dvi -o t%03d.png > /dev/null 2>&1 ;; *) exit 1 ;; esac") != 0) {
↓
if ( !((system("cd $tmpdir & platex \\nonstopmode\\input t.tex>NUL")==0)&&(system("cd $tmpdir & dvipng -q -D $res -T tight -M -pp 1 --noghostscript t.dvi -o t%03d.png>NUL")==0))){
119行目付近:
local $/;
$contents = <FI>;
↓
local $/;
binmode (FI);
$contents = <FI>;
1行目はPerlをインストールしたフォルダを指定してください．
if文の中のplatexはもちろんlatexのままでも構いません．
環境：
Windows XP Professional SP2
W32TeX
Perl 5.10.0
Apache 2.2.8
dvipng 1.9
mod_fastcgi-2.4.6-AP22.dll
私はPerlについて完全に初心者ですので (この変更をするためだけにPerlの本を初めて読みました)，
何かまずいことをしているかもしれないという事を最後に断っておきます．