前回説明した通り、汎用性がないので、
設定されようとしている、ないし、した
方法は、私はお勧めしません。
さて「Mymendex」を選択しても動きませんでしたか？
TeXworks の「ウィンドウ」→「コンソール出力を表示」
でコンソールを表示した状態で操作すれば状況が表示されます。
動かないのであれば、表示された内容をコピペで貼り付けてください。
◆質問「MYINDEX.IST をどのようにしてTeXworksに伝えるか」の回答
CASE１
）追加設定されたであろう「Mymendex」を選ぶ場合は、
C.bat の中身の記述にしたがうだけなので C.bat 次第です。
CASE2)
https://okumuralab.org/tex/mod/forum/discuss.php?d=3541#p21874 の画像ように設定された場合は、「教科書.tex」と同じディレクトリにMYINDEX.IST を配置してください。
理由は以下の通り。
Texwork は「タイプセットメニューから指示された処理」を
対象となる「教科書.tex」のあるディレクトリをカレントとして
「プログラム名」 「引数」 ....
というコマンドを発行する