丁寧にご回答いただき誠にありがとうございます．
latexmk.jsを書き換えることの危険性を当方全く認識しておりませんでした．ご忠告いただき非常に頭の下がる思いです．
https://github.com/thomasjo/atom-latex/tagsから該当ファイルを上書きする方法で無事環境は修復し，コンパイルすることが可能になりました．
%今回のトラブルでVScodeへの移管を考えていたところでした．はやて様のおかげでAtomを使い続けることができるようになりましたが，結局移管する準備は行うべきなのかもしれません．
latexmk.jsを書き換えることの危険性を当方全く認識しておりませんでした．ご忠告いただき非常に頭の下がる思いです．
https://github.com/thomasjo/atom-latex/tagsから該当ファイルを上書きする方法で無事環境は修復し，コンパイルすることが可能になりました．
%今回のトラブルでVScodeへの移管を考えていたところでした．はやて様のおかげでAtomを使い続けることができるようになりましたが，結局移管する準備は行うべきなのかもしれません．