こんにちは。
タイトルに書いた通り、luatexja-preset + newtx + siunitxを併用するとtabular内の負の指数の符号が消失し、困っています。一体上記の3つのパッケージのどこに起因した問題なのか自力で解明できませんでした。
下記が問題を再現するコードです。実行した環境は Ubuntu focal (20.20) のパッケージからそのままインストールした texlive 2019 最新版です（texlive 2020では試せていません）。texlive-lang-japanese, texlive-fonts-extra, texlive-science のいずれもバージョンは 2019.20200218-1 です。
\documentclass{ltjsarticle}
\usepackage{luatexja-preset} %どれか1つをコメントアウトすると正常な挙動に戻る
\usepackage{newtxtext,newtxmath} %どれか1つをコメントアウトすると正常な挙動に戻る
\usepackage{siunitx}
\sisetup{detect-mode=true} %どれか1つをコメントアウトすると正常な挙動に戻る
\begin{document}\begin{tabular}{S}1e-2 %コメントアウトがないと1×10²と出力される\end{tabular}\end{document}大変恐縮ですが、お助け頂ければ幸いです。