LaTeX というやつは、標準で用意されているオプション類で対応できないような
版面設定をしようとすると、かなり面倒なことをやらなくてはならなくなります。
これは LaTeX の短所といえば短所ですが、文面の作成者（大概の場合、
エディトリアル・デザインの心得などないはず）が浅薄な考えで妙な設計を
やらかしてしまうのを防いでくれると言う意味では、むしろ大きな長所だろうと
思います。
で、今回の件、「解決」とおっしゃっていますが、これはかなり場当たり的な
解決でしかありません。少なくとも、段落頭の字下げ量は再設定しないと
まずいでしょう。今作成しようとしているのがそれなりの複雑さを
持つような文書であるならば、他にも不都合と感じられる部分がそのうち
出てくるでしょう。例えば、、本文での基準となる文字サイズを 9 ポイントに
変更したら、セクション見出しや脚注等、自動的にサイズが変更される
部分とのバランスもずれが生じるでしょう。箇条書き部分の字下げ幅等も
見直す必要があるかもしれません。
この辺を本格的に調整するなら、かなりの手間がかかりそうに思います。
もっとも、いっそのこと、大きめのページに 10pt オプションで
組み版し、pdf への変換の際に全体を縮小するってのも手かもしれません。