minijs.sty を拝見しました。マクロは詳しくありませんが，それらしきものを発見しましたので，フォント設定の前に以下のように書いたところ，うまくいきました。ありがとうございました。
\makeatletter
\@for\@tempa:=5,6,7,8,9,10,10.95,12,14.4,17.28,20.74,24.88\do{%
\expandafter\let\csname JY2/mc/m/n/\@tempa\endcsname\relax
\expandafter\let\csname JY2/gt/m/n/\@tempa\endcsname\relax
\expandafter\let\csname JT2/mc/m/n/\@tempa\endcsname\relax
\expandafter\let\csname JT2/gt/m/n/\@tempa\endcsname\relax
}
\makeatother