念のため：今朝 LaTeX2e 2020-02-02 patch level 5 が出ました。
前回コメントに書いた https://github.com/latex3/latex2e/issues/293 のバグは消えたようです。
=====
さて，現在の TeX Live 2019 最新版
* LaTeX2e 2020-02-02 patch level 5
* pLaTeX2e 2020-02-02 +2
において，本スレッドの冒頭の投稿で報告されている
\documentclass[a4paper]{jarticle}
\usepackage{amsmath}
\newtheorem{defi}{定義}
\begin{document}
\begin{defi}
$a$
\end{defi}
\end{document}
というソースを処理すると以下の警告が出ます（シリーズが空っぽ）。
LaTeX Font Warning: Font shape `JT1/mc//it' undefined
(Font) using `JT1/mc//n' instead on input line 9.
LaTeX Font Warning: Font shape `JY1/mc//it' undefined
(Font) using `JY1/mc//n' instead on input line 9.
以前のバージョン
* LaTeX2e 2019-10-01 patch level 3
* pLaTeX2e 2019-10-01 +1
の頃は，以下のような警告でした。
LaTeX Font Warning: Font shape `JT1/mc/m/it' undefined
(Font) using `JT1/mc/m/n' instead on input line 10.
LaTeX Font Warning: Font shape `JY1/mc/m/it' undefined
(Font) using `JY1/mc/m/n' instead on input line 10.
なぜ変わったかはこれから調べ，直し方を検討する必要がありますが，
前回コメントしたとおり本家 LaTeX がまだ不安定のため当面保留します。
% [edit]
% すぐに原因がわかりました。
% \series@drop@one@m という LaTeX2e 内部命令の定義が変わったからですね…。
%
% しかも
% * LaTeX2e 2020-02-02 patch level 5
% * 開発版 https://github.com/latex3/latex2e の 'develop' ブランチ
% の間で \series@maybe@drop@one@m の定義が変わっていてさらに面倒くさい…。