MePoTeX 作者の みなも です。
出遅れました。
もうすでに解決されているようですが，角藤さんの解決法と同じことが，内部コマンドを使わずにできるようになっています。
\mptMP{実行ファイル名}
を\usepackage{MePoTeX} の直後にでも配置すれば実行ファイル名を読み替えて実行されます。
今回の場合は
\mptMP{r-mpost}
ですね。
現在公開中のバージョンを作ったときは，まだ実行ファイル名が変動している最中だったので，このような仕様になっているのですが，2019 年頃から r-mpost で安定したように思いますので，そろそろデフォルトを r-mpost に代えたものを公開しなきゃなぁと思っています。
(細かい拡張がいくつかあって，その部分のマニュアルを作る時間がなくて更新が止まってます。)