一般フォーラム

（使っていておそらくこうだと思うだけで、
　仕様文書などは確認していません）

このメニューの違いは、DVIOUTが
目下の用紙サイズを規格名で認識しているか、
あるいは幅と長さの数値で認識（ユーザー定義）しているか
によると思います。

目下の用紙サイズ認識は、「Paper」メニューで確認できます。
印刷ダイアログがA4などの規格名で出るときは、
目下の用紙認識も規格名になっていて、
印刷ダイアログがパーセント数値で出るときは、
目下の用紙サイズがユーザー定義になっています。

この、目下の用紙サイズ認識は、メニューから手動で変更したり、
用紙サイズを指定する special 命令を dvi ファイルから読み取ったときに
更新されます。
用紙サイズのspecial が 「papersize=***pt,***pt」のように
長さ指定になっているのを読み取れば目下の認識が「ユーザー定義」になります。
用紙サイズの special が読み込まれるのは、
更新されたファイルが（AutoReNew などの機能によって）再読み込みされたときや、
special が埋め込まれている１ページ目を他のページから戻って再表示したときなどのようです。

用紙サイズの special がどんな形式でどのページに埋め込まれるかは、
使用する文書クラスやパッケージによって異なります。

で、
> 一度これに変わってしまうと上の表示になったファイルでも戻らなくなります
この問題の解決策ですが、
自分の利用スタイルに合った special を埋め込むように文書クラスやパッケージを改変するか、
意図に反して変わってしまう度に、
dviout の Paper メニューから用紙サイズを規格名に選びなおせばよいかと思います。