以前の別の質問への回答にも書きましたが，
「LaTeX や pLaTeX のバージョンが違うことが原因で結果が異なる」
と思われる場合は，デバッグ手段として platexrelease パッケージが有効です。
今回は，学会のページからダウンロードした sample_paper.tex の冒頭に
\RequirePackage[2014/12/31]{platexrelease}
を足してみると，表が1段組で表示されました。一方
\RequirePackage[2015/01/01]{platexrelease}
に変えてみると，表が消えてしまいました。
要するに，
(1) LaTeX2e 2015/01/01 付で何かしら table* 環境に仕様変更があったらしい
(2) この変更に学会クラスが追随できていない
ことまでは推測できます。
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さて，ここからは数年前の知識を引っ張り出す必要があります。
https://okumuralab.org/tex/mod/forum/discuss.php?d=1558
にもあるように，LaTeX2e 2015/01/01 版では物凄く沢山の修正が行われました。
これは，それ以前が
「（たとえバグと思われても）非互換な修正はしない」
という方針だったのに対し，LaTeX2e 2015/01/01 以降は
「バグは直す」
※ その影響で既存の文書の組版結果が変わる場合もあるし，以前通ったソースがエラーになる場合もある。
という方針に大転換した結果です。今回報告された変化も，この一種だと思っています。
ターミナル（あるいは Windows ならコマンドプロンプト等）から
$ texdoc latexchanges
と打つと latexchanges.pdf という PDF ドキュメントが開きます。
その中に，最近の LaTeX2e の変更点がまとめられていますが，
> 25.6 1-col fig can come before earlier 2-col fig (pr/2346)
つまり「フロート (table, figure, etc.) の並び順序がおかしくなるバグを修正した」というのが
該当しそうな気がします。