https://github.com/texjporg/platex/issues/61
と同じでした
（掲載のソースをコンパイルして比較。掲示の回避方法2種類のいずれも私の原稿でも有効。）
「#39のバグ」にも以前からしばしば遭遇しておりましたが、手動でフロートの位置を変えたり、改頁を挿入することで回避しておりました。
私の原稿では（footnoteが多すぎる？）#61の出現頻度の方が#39より多そうで、footnoteまで関与すると回避が難しいので、当座はv2.7を使うか、v2.9に「\@colht@rightfixhtを削除」のどちらかでしのごうと思います。
「最終ページの右bottomフロートの位置」は私も「本文領域の下端に密着」が理想的だと思いますが、実現困難ならば、「縦方向に中央揃え」でも「本文下端に密着」でも、脚注と本文が重なって読めなくなるよりは良いと思います。
ただ、次の例を試みたところ、脚注の位置は「\@colht@rightfixhtを削除」でないとfooterと重なるようです（何か間違えたかな？）。
\documentclass[twocolumn]{article}
\usepackage{nidanfloat}
%%% v 2.9のfootnote位置対策
\makeatletter
\RequirePackage{etoolbox}
\patchcmd{\R@cflt}{\@colht\@rightfixht}{}{}{}
\patchcmd{\R@cflb}{\@colht\@rightfixht}{}{}{}
\makeatother
%
\usepackage{lipsum}
\begin{document}
\lipsum*[1-4]
\footnote{Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusm
od tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. }
\begin{table}[t]
\centering
\begin{tabular}{ccc}
\hline
AAAAAA & BBBBBB & CCCCCC \\
\hline
a & 1.00 & 1.00 \\
a & 2.00 & 2.00 \\
a & 3.00 & 3.00 \\
a & 4.00 & 4.00 \\
\hline
\end{tabular}
\end{table}
%\lipsum[1-3]%%% ここのコメントアウトをはずすと、脚注位置はどちらもOKになります。
%% 最終ページのbottomフロートはなぜか右カラムの縦方向の中央になります。v2.7も
%% 同じです。
\begin{table}[b]
\centering
\begin{tabular}{ccc}
\hline
AAAAAA & BBBBBB & CCCCCC \\
\hline
a & 1.00 & 1.00 \\
a & 2.00 & 2.00 \\
a & 3.00 & 3.00 \\
a & 4.00 & 4.00 \\
\hline
\end{tabular}
\end{table}
\end{document}
\usepackage{nidanfloat}
%%% v 2.9のfootnote位置対策
\makeatletter
\RequirePackage{etoolbox}
\patchcmd{\R@cflt}{\@colht\@rightfixht}{}{}{}
\patchcmd{\R@cflb}{\@colht\@rightfixht}{}{}{}
\makeatother
%
\usepackage{lipsum}
\begin{document}
\lipsum*[1-4]
\footnote{Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusm
od tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. }
\begin{table}[t]
\centering
\begin{tabular}{ccc}
\hline
AAAAAA & BBBBBB & CCCCCC \\
\hline
a & 1.00 & 1.00 \\
a & 2.00 & 2.00 \\
a & 3.00 & 3.00 \\
a & 4.00 & 4.00 \\
\hline
\end{tabular}
\end{table}
%\lipsum[1-3]%%% ここのコメントアウトをはずすと、脚注位置はどちらもOKになります。
%% 最終ページのbottomフロートはなぜか右カラムの縦方向の中央になります。v2.7も
%% 同じです。
\begin{table}[b]
\centering
\begin{tabular}{ccc}
\hline
AAAAAA & BBBBBB & CCCCCC \\
\hline
a & 1.00 & 1.00 \\
a & 2.00 & 2.00 \\
a & 3.00 & 3.00 \\
a & 4.00 & 4.00 \\
\hline
\end{tabular}
\end{table}
\end{document}