おかげさまで解決しました．
--
%hoge.tex
\documentclass[a4j]{jsarticle}
\usepackage[stable]{footmisc}
\begin{document}
\section{はじめに\footnote[1]{はじめに}}
\end{document}
--
これでうまくタイプセットできました．
別途，\footnotemarkおよび\footnotetextもfootmiscパッケージを使用することで，見出し内でも問題なく使えました．
ただ，私の調べ方が甘かったようで，申し訳ありません．
ご回答ありがとうございました．