また，詳しい説明もありがとうございました。より理解を深めることができました。
ちなみに，jlreq.cls については，ほんの2, 3のソースファイルでしか試していませんが，otf パッケージの他書体も含めて，うまく動くようです。
普段，ソースファイルの始まりは
\documentclass[uplatex]{jsarticle}
\usepackage{otf}
としていますが，一行目を
\documentclass{jlreq}
に変えるとエラーになり，こりゃ使えん，としばらくは見向きもしませんでしたが，
後から振り返ってみるとフォントがらみのエラーだったので，もしかしてと思い，
\usepackage[uplatex]{otf}
とすると，うまくいきました（あるいはグローバルオプションでもよさそうですね）。
# \headfont についてですが，元々のソースファイルで \section の定義を
# （色をつけるなど）いじくっておりまして，今回の投稿にあたって，
# jsarticle.cls の本来の定義に戻したため，このような記述になりました。