自分なら何を調べるか，といえば，
1. エラーメッセージに出てくる "/var/folders/99/6smfmm9d3g33x4ttw60m5nm80000gn/T/dvipdfm-x.e3b0e1a37f6c8a8052e61d6004d4bd16" は存在するのか，PDFヴューアで開けるのか，そのディレクトリのパーミッションはどうなっているのか？
（Eclipseを閉じると消えてしまうかもしれないので，エラーメッセージを出力した直後に探したり，Eclipseでのタイプセット中に出現するかどうか確かめたりするでしょう）．
2. ターミナルから platex, dvipdfmx を実行したときのログと，Eclipseでタイプセットしたときのログを見比べる
といったあたりでしょうね．
Eclipseでタイプセットしている platex や dvipdfmx が，ターミナルから実行するものとは異なっているとか，Ghostscript へのアクセス方法のどこかに支障があるかというのを疑っています．