uplatex が使いたいわけではないのですか？
それならば，platex で既に動いているのだからよいのではないかと思うのですが，
何か uplatex でなければならない理由があるのですか？
とは言うものの，私は LyX を使っていないので今まで
uplatex 使用上の一般的な話を書いていたのですが，
どうにも話が通じないようなので，
http://qiita.com/Tats_U_/items/b7d207f6c453899fe29e
を見ながら Windows 8.1 で試してみました．
感想なのですが，設定を変更しようとするとかなり煩雑ですね．
uplatex を使う設定に変更するうえでの注意点ですが，
・ツール＞設定 の ファイル処理＞変換子 から LaTeX (pLaTeX) -> DVI の変換子と追加フラグを
platex から uplatex に変更するが，変更後は「修正」ボタンを押してから「保存」ボタンを
押さなければ反映されない．
・文書＞設定 で「文書クラス」を「日本語Article (jsarticle)」に，
「クラスオプション」を「uplatex」に，「言語」を「日本語」に，
それぞれ変更するが，変更後は「文書の既定値として保存」を押さないと
その文書には反映されない．
とはいえ，中坊さんは一度 uplatex を走らせることがうまくできているので，
この辺りはできないことはないのだろうと思います．
dviout の設定は面倒くさかったので，とりあえず PDF の出力ができる
ところまでは確認しました．