和田さんがご指摘の通り、タブ幅はtabsizeで指定します。
\lstinputlisting[tabsize=2]{code1.R}
もし、タブではなくてスペースでインデントをしているなら、1つのアプローチとして、2つの連続したスペースを1つに読み替えるという方法もあります。これでインデント幅が半分になります。
\lstinputlisting[literate={\ \ }{{\ }}1]{code1.R}
tabsizeとliterateは同時に指定しても大丈夫ですし、\lstset{}であらかじめ設定しておいても大丈夫です。
なお、literateは{置換対象}{置換文字列}{幅}を指定します。