一般フォーラム

TeX Wiki にも情報がありますが
https://texwiki.texjp.org/?TeX%20Live%2FMac#l8c867e9
El Capitan に付属しているヒラギノは形式が特殊な新形式なので、美文書6版にバンドルされ
ている TeX Live 2013 では使うことができません。

だから、選択肢としては

・今の美文書環境のままフォント設定を IPA フォントに切り替えてしのぐ（cjk-gs-integrate の作業は不要）
・MacTeX 2015 を自力でインストールして最新版まで更新し、cjk-gs-integrate を活用しつつヒラギノ設定する

のどちらかです。Wiki には全て解説があるのでそれで良いと思います。あるいは、第3の選択肢として

・美文書サポートページに載っている tlmgr のバグを逆に利用して TeX Live 2013 → 2015 に更新する方法

もあるので、もしかしたら使える可能性はあります。

ちなみに Komiya さんが参照して実行したという
> Re: El CapitanでのTeXの不具合
> 2016年 04月 08日(金曜日) 21:43 - Dora TeX の投稿
の (4)(5) は、第3のバグ逆利用法を使って TeX Live 2015 まで更新する (1)(2)(3) の手順が成功した場合に
初めて使える方法です。cjk-gs-integrate だけ取ってきても、結局のところ dvipdfmx は古いプログラム
のままなので、仮にマッピングに成功したとしても新形式ヒラギノを読み込めません。

# 以下、個人的なメモ：
# (4)(5) を試したということなので、もちろん (1)(2)(3) も実行されたのだと思いますが、
# そうだとすれば (3) をやったのに cjk-gs-integrate が存在しないというのはおかしい。
# だから「(1)(2)(3) をやったけどどこかでコケた」か、「(1)(2)(3) をすっ飛ばして (4)(5)だけ
# やろうとした」のどちらかだろう。つまり、いずれにせよ dvipdfmx は古いものを持っているに違いない。