> 最近，kpathseaがupdateされましたが，その影響でしょうか
そうです。今までは特定の場合に変数を設定したくない場合に，例えば
command_line_encoding.dvipdfmx =
のように空にしていましたが，空にすると新しい kpathsea では warning
が出るようになったので，無意味な
command_line_encoding.dvipdfmx = none
としていました。これで warning が出ることに気が付かなくて
すみません。この warning は不要なので，出ないように訂正して
おきます。ご報告ありがとうございました。