北川です．
LuaTeX-ja 20160331.0 を出しました．
今回の更新は，LuaTeX 0.85 以降の動作が変わったことに
対応したことです（抜けがあったらすみません）．
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特に，ltjsclasses（ltjsarticle, ltjsbook 等）では \mag の使用を
やめました（つまり，「10 pt の結果を拡大縮小する」処理はなく，
レイアウトのパラメタ値の方を拡大縮小させる）．
そのため，例えば [12pt] 指定時でも
\hspace{10cm}
と記述すると 10 cm の空白が空きます．
標準では bxjscls の magstyle=xreal 指定時のように
「オプティカルサイズの調整」を行いますが，
問題が起きた場合には [real] オプションで無効化できます．
LuaTeX-ja 20160331.0 の ltjsarticle で、12pt など標準以外のサイズを指定した場合に
section や subsection の左に余分な空白が入っているようにみえます。
pLaTeX の jsarticle と異なる挙動だと思います。
LuaTeX 0.80.0 + LaTeX (20160331)
LuaTeX 0.90.0 + LaTeX (20160331)
の両方で試し、いずれも画像のようになっています。
\documentclass[12pt]{ltjsarticle}
\begin{document}
\section{はじめてのLua\TeX-ja}
（略）
\end{document}
section や subsection の左に余分な空白が入っているようにみえます。
pLaTeX の jsarticle と異なる挙動だと思います。
LuaTeX 0.80.0 + LaTeX (20160331)
LuaTeX 0.90.0 + LaTeX (20160331)
の両方で試し、いずれも画像のようになっています。
\documentclass[12pt]{ltjsarticle}
\begin{document}
\section{はじめてのLua\TeX-ja}
（略）
\end{document}
