＞質問者の目的は組版することではなく論文を書くこと
それはそうです。
ただ、Web 上のほとんどの解説記事が pLaTeX ベースなので、
それらを活用する方が早いだろうという意図でした。
なぜ多くの人が pLaTeX を使っているかという理由の一つとして
組版品質をあげただけで、解説記事の多さも重要な理由です。
質問者が言及している CJK パッケージの利用は日本語解説が少ないので
苦労することが多いだろうと思い、避けるよう勧めたかったのです。
LuaTeX はどんどん仕様が変わっていますし、トラブルシューティング
が（少なくとも私には）とても難しいです。ずっと仕様がほとんど
変わっていない pLaTeX が、いまは無難だと思います。
「雑誌側が ltjsarticle というクラスを見て、それを jsarticle などに
変えてくれる」などということも、まずあり得ないでしょう。
各雑誌は独自のクラスファイルを提供している場合がほとんどで、
処理するエンジンも規定されているはずですから、それに従わない
ことは規定違反になると思います。
# LuaTeX-ja で論文を書いて良いという論文誌は私は知りません。
# pLaTeX なら IPSJ などいくつか例があるので実用的でしょう。