latex超初心者なのですが・・・

latex超初心者なのですが・・・

- Edward Elric の投稿
返信数: 24
　latexを初めてまだ２ヶ月の初心者です．パソコンの知識等はよく知りません．
なんとなくインターネットの設定方法をみてインストールし使えるようになりました．美文書作成入門という本も一応持っています．
　分け合って化学の文書をつくりたくて，インターネットで下記のリンクのサイトを見つけ手順通りやってみたのですが，

うまくいきませんでした．

¥documentclass{jsarticle}
¥usepackage{graphicx}
¥usepackage{chemobabel}
¥begin{document}

¥chemobabel[scale=0.6]{Brevetoxin A.mol}{}
¥chemobabel{ATP.cdx}{-xd}
¥smilesobabel[scale=0.7]{CC(=O)Nc1ccc(cc1)O}{}

¥end{document}

という風に上記のサイトのように（合っているのかどうかもわかりませんが）入力してみましたが，

chemobabel.sty not found　と出て来ました．

　本当にド素人なのでどうしたらいいかわかりません．どなたか教えてくださいませんでしょうか．
Edward Elric への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- aminophen の投稿
記事の著者です。お読みいただきありがとうございます。

> 下記のリンクのサイトを見つけ手順通りやってみたのですが
> chemobabel.sty not found
chemobabel.sty は私が（遊び半分に）開発したパッケージなので、ダウンロードする必要があります
（このあたりもすべて解説したつもりですが）。記事にリンクが付いているとおり
https://github.com/aminophen/chemobabel.sty
から全ファイルをダウンロードして、そのうち
chemobabel.sty
chemobabel-extract.sty
が本体ですので、この2つをインストールしてください（ほかは解説書等ですのでお読みください）。記事中に
「パッケージのインストールは一般的なパッケージと同様です。$TEXMFLOCAL に置いてもよし、
任意のソースと同じディレクトリに置いてもよし。」
と書いていますが、これは一般的なパッケージのインストール方法を読者が知っている前提です。もしご存じでなければ、
これまた私がつい先日このフォーラム (forum:1846) で解説していますので参考にしてください。
（もしわからなければ、差し当たり2つのファイルをご自分のソースファイルと同じフォルダに置けば認識されます）

しかも、chemobabel パッケージは特殊で、外部ツールである openbabel と inkscape もご自分でインストールする必要があります。
すべてリンクは付けていますが、「パスを通す」などパソコン初心者にはハードルが高い作業かもしれません。
（Windows なら TeX Wiki の“基礎知識” にも少しだけ解説があります。）

# …と説明してきましたが、あまり実用を想定せずに一発ネタとして作ったものですので、あまり役に立たないかもしれません。
# TeX Wiki の「TeX と化学」も私が書いたものです。ご参考まで…
aminophen への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- aminophen の投稿
ついでにもうひとつ：

記事は graphicx パッケージの使い方は知っている前提で書いたため特に明記しませんでしたが
日本語の文章を書くときは platex と dvipdfmx のコンボで PDF を作る場合が多そうです。
もしこのように dvipdfmx を使うことが決まっている場合は

\documentclass{jsarticle}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{chemobabel}

ではなく

\documentclass{jsarticle}
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}
\usepackage{chemobabel}

または

\documentclass[dvipdfmx]{jsarticle}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{chemobabel}

と書くことをすすめます（私は個人的に後者を推奨）。graphicx の「ドライバ依存」の話をお読みください。
Edward Elric への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- 梅田 宗宏 の投稿
藤田先生の
XyMTeX

https://texwiki.texjp.org/?XyMTeX

も検討されてはいかがですか。
梅田 宗宏 への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- Edward Elric の投稿
　最初に，化学に関するlatexについて調べていて見つけたのがXyMTeXでした．しかし，wikiのインストールのリンクが切れていたため断念せざるを得ませんでした．そこで見つけたのが，chemobabel.styでした．実は私は中学生でして，インターネットやパソコンについての知識を全く知らないのです．ですので，上記のアセトアミノフェンさんの「パッケージをインストールする方法」の情報を頼りにchemobabel.styをインストールしてみようと思います．
　機会があれば，XyMTeXもインストールしたいと思っています．お返事をいただきありがとうございました．
Edward Elric への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- aminophen の投稿
XyMTeX はインストール作業が不要だと思います。
TeX Live か W32TeX のどちらかをインストールしていれば、最初から入っていて「すぐに使える状態」です。
ただ、初めて使おうとすると覚えるべき LaTeX 命令が多く、複雑な構造を描くのは難しい、という方もいます。
同じく chemfig というパッケージも最初から入っていて「すぐに使える状態」です。こちらもある程度 LaTeX の
命令を覚える必要があります。
なので、「すぐに動く」のは xymtex と chemfig です。
丁寧な「使いかた」の解説記事はそれぞれ TeX Wiki からリンクしてありますので、すぐ動かせます。

TeX Wiki の先ほどリンクした「TeX と化学」には書かなかたのですが、私の個人的な比較は以下のとおりです。
・XyMTeX は「化学的な知識があれば覚えやすい」です。化合物名がコマンドになっていたり、置換基を付ける
といった作業も「化学」の勉強に近いです。簡単な構造はすぐ覚えられて便利。ただ、複雑な構造になると
どこから手をつけて良いのやら、と（私なら）なってしまいます。
・chemfig は「描画、お絵描き」という感じです。結合の角度や線の太さなども細かく、描画命令を駆使して指定
できるので、カスタマイズは一番豊富です。描画なので、あまり化学構造を描いている気分にはなりませんが、
複雑な構造に必要な命令は簡単な構造を描く命令をつなぐだけなので一度覚えれば拡張しやすいでしょう。
・これら2つのような「命令」を覚えたくなければ、全自動化しかないと思います。そこで、ある程度「パソコン
の知識」や「TeX の知識」がある人向けに作ったのが chemobabel です。外部プログラムを呼び出すので、
慣れていないとインストールが一番大変だと思います。

ちなみに私自身は…どれも使っていなかったり(^^;;
ChemDraw で描いて画像化して貼り付けます。
aminophen への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- Edward Elric の投稿
　ファイルの中のインスートールしたchemobabelのchemobabel.sty，chemobabel-extract.styをクリックしてみたところ，texの入力画面として表示されました．それらをtexでchemobabel.styをインストールするつもりで，私のPCはmac book airなのですが，コマンドにそれら２つを順番にコピー＆ペーストしてみました．
　その後，新規のtexの入力画面で，
\documentclass[dvipdfmx]{jsarticle}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{chemobabel}
¥begin{document}

¥chemobabel[scale=0.6]{Brevetoxin A.mol}{}
¥chemobabel{ATP.cdx}{-xd}
¥smilesobabel[scale=0.7]{CC(=O)Nc1ccc(cc1)O}{}

¥end{document}
と入力してみたところ，latex errorとしてchemobabel.sty not foundと表示されました．本当にlatexを始めたばかりなので全く対処できていません．どうすればいいかを教えてくださいませんでしょうか．
Edward Elric への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- aminophen の投稿
> chemobabel.styをインストールするつもりで，
> コマンドにそれら２つを順番にコピー＆ペーストしてみました．

我流でなく指示に従ってください。
2016年 02月 28日(日曜日) 02:37
のコメントに既に書きましたが
> これは一般的なパッケージのインストール方法を読者が知っている前提
> です。もしご存じでなければ、これまた私がつい先日このフォーラム
> (forum:1846) で解説していますので参考にしてください。
で説明しているとおり、そのふたつのファイルを（開いたりいじったりせずに）
指定のフォルダに配置してください。
フォルダの場所も既にその forum:1846 で示唆していますが再掲します。

ターミナルに
kpsewhich -var-value TEXMFLOCAL
というコマンドを実行して表示される場所（おそらく /usr/local/texlive/texmf-local でしょう）
の下にフォルダを作って配置してください。
/usr/local/texlive/texmf-local/tex/latex/chemobabel/chemobabel.sty
/usr/local/texlive/texmf-local/tex/latex/chemobabel/chemobabel-extract.tex
の2つのファイルを置いて、そのあとターミナルから
sudo mktexlsr
を実行してください。その他、もういちど私の回答を読み返したら
わかることは多いはずです。chemobabel.sty not found というエラー
の意味は、英語がわかれば理解できるはずです。
aminophen への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- Edward Elric の投稿
　指示に従わず申し訳ありませんでした．ターミナルで実行してまたところ，結局chemobabel.sty not foundという風に表示されました．texで入力したものは下記の通りです．

\documentclass[dvipdfmx]{jsarticle}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{chemobabel}
¥begin{document}

¥chemobabel[scale=0.6]{Brevetoxin A.mol}{}
¥chemobabel{ATP.cdx}{-xd}
¥smilesobabel[scale=0.7]{CC(=O)Nc1ccc(cc1)O}{}

¥end{document}

　また，ターミナルで打ち込んだものは下記の通りです．

Last login: Mon Feb 29 17:48:46 on ttys000

　-no-MacBook-Air:~ 　$ kpsewhich -var-value TEXMFLOCAL

/usr/local/texlive/texmf-local

　-no-MacBook-Air:~ 　$ /usr/local/texlive/texmf-local/tex/latex/chemobabel/chemobabel.sty

-bash: /usr/local/texlive/texmf-local/tex/latex/chemobabel/chemobabel.sty: No such file or directory

　-no-MacBook-Air:~ 　$ /usr/local/texlive/texmf-local/tex/latex/chemobabel/chemobabel-extract.tex

-bash: /usr/local/texlive/texmf-local/tex/latex/chemobabel/chemobabel-extract.tex: No such file or directory

　-no-MacBook-Air:~ 　$ sudo mktexlsr

mktexlsr: Updating /usr/local/texlive/2015/texmf-config/ls-R... 

mktexlsr: Updating /usr/local/texlive/2015/texmf-dist/ls-R... 

mktexlsr: Updating /usr/local/texlive/2015/texmf-var/ls-R... 

mktexlsr: Updating /usr/local/texlive/texmf-local/ls-R... 

mktexlsr: Done.

　-MacBook-Air:~ 　$ 

　

　名前などの情報はカットしました．原因はなんだと思われますか？

Edward Elric への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- aminophen の投稿
「の下にフォルダを作って配置してください。」
と書きましたが、誤解されてしまったようです。伝わると思ったんだが…

> /usr/local/texlive/texmf-local/tex/latex/chemobabel/chemobabel.sty
> /usr/local/texlive/texmf-local/tex/latex/chemobabel/chemobabel-extract.tex
> の2つのファイルを置いて

と書いたのは、ファイルのパスを書いただけです。
要するにすべきことは：
Finder などで
/usr/local/texlive/texmf-local
というフォルダを開いてその下にフォルダを作ることです。
/usr/local/texlive/texmf-local/tex/latex/chemobabel
という階層までフォルダを作ったら、その場所に
chemobabel.sty
chemobabel-extract.tex
のふたつのファイルを置く。
aminophen への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- Edward Elric の投稿
　TexLiveというフォルダを開くと，library→texlive→2013となり、2013→bin　temp　texmf-dist　texmf.cnf　tlpkgという複数のファイルが表示されます．
　その中のtexmf-distというファイルの中にchemobabelという名前でファイルをつくりそのなかにchemobabel.sty，chemobabel-extract.texのふたつのファイルを置き，その後ターミナルでsudo mktexlsrと入力し，texで前回の私の返信と同様に入力しましたが，またエラーでnot foundと表示されてしまいました．
　何度も何度も上手くいかなくてすみません．原因はなんだと思われますか？
Edward Elric への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- aminophen の投稿
＞TexLiveというフォルダを開くと

先ほどターミナルから
sudo mktexlsr
を実行したとき「2013」ではなく「2015」が表示されていましたよね？
したがって、今書いていらっしゃる
「TexLive というフォルダを開くと library→texlive→2013 となり」
は明らかに見当違いだということに気づいてください。

指示に従ってください。TeXLive というフォルダではなく
/usr/local/texlive/texmf-local
というフォルダを開いてください。

…といってもこのフォルダがどこかわからない、ということでしょうか？
多くの場合隠しフォルダになっているので見つからないのでしょうか。

では、もっと非常に易しいところから手とり足とりしないといけないんだな。
インストールは「MacTeX」というインストーラを使いましたか？
aminophen への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- aminophen の投稿
ここまで説明しておいてなんですが。

「2016年 02月 28日(日曜日) 15:31」
の私の発言は読みましたか？
chemobabel は「コンピュータの知識はある程度あってターミナルからのコマンド実行・ソフトの
インストールは余裕でできる」けれど「TeX の命令をいちいち書くより ChemDraw などのソフト
で構造式を描くほうが好きだ」という人のためのものです。

chemobabel は「コンピュータ初心者向け」では決してありません。仮に chemobabel のインス
トールが成功しても、そのあと open babel と inkscape という「TeX とは全く関係ないソフト
ウェア」のインストールも完了させなければなりません。ここまでやり遂げられる自信がなければ、
chemobabel は早いうちにあきらめたほうがいいかもしれません。（もちろん、「TeX とは関係
ないソフトウェアのインストール」はこの TeX フォーラムで教えるべきことではありませんので、
別の場所でどうぞ、と言われて突き放されるのがオチです。）

もういちど本当にご自分に合っているのが chemobabel かどうか、考えてみてもよいと思います。
chemobabel は「全自動で構造式が勝手に出来上がる」
というコンピュータ的な面白さを
追求するためのものあって、別に自動でなくてもよければ

「お絵かきソフトで構造式を描く→ \includegraphics{絵のファイル名.pdf} でとりこむ」

とかでもいいわけです。それでも chemobabel が使いたいなら止めはしませんが。
aminophen への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- Edward Elric の投稿
　あきれてしまうほど無知の私が手を出すべき領域ではないのかもしれませんが，できるとこまでやってみたいというのが私の意志です．本当に生意気を言ってすみません．open babel と inkscapeについてはどうにかやってみます．最後までおつき合い頂けたなら嬉しい限りです．本当にごめんなさい．
aminophen への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- Edward Elric の投稿
　そうです．その後，下記の記事には、LaTeXiTとTeXShopを削除し、TeXShopインストールしなおすと書いてあったのでそうしました．tex環境について詳しいことはわからないのですが，これが現在の私のtex環境です．

Edward Elric への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- aminophen の投稿
MacTeX とのことなので

Edward Elric さんが chemobabel を実際に使うことを決断なさるかどうか
は別問題として、私が言う「/usr/local/texlive/texmf-local」という
フォルダの開き方を教えます。絶対に今後 TeX を使ううえで必要な知識なので。
（ただし、以下の方法は MacTeX 以外では通用しないのですが）

Dock の「システム環境設定」を開くと「TeX Distribution」というアイコンが
あります。クリックすると「TeX Live 2015」みたいに表示されているはずです。
これをダブルクリックすると、たくさんフォルダのショートカットみたいなものが
表示されて、そのなかのひとつが TEXMFLOCAL みたいな名前になっているはず。
これが、私の言う「/usr/local/texlive/texmf-local」というフォルダです。

そのフォルダの中に tex というフォルダがあればそれを開き（なければ作る）、
その下に latex というフォルダがあればそれを開き（なければまた作る）、
その下に chemobabel というフォルダを作って例の2つのファイルを置きます。
終わったらターミナルから
sudo mktexlsr
を実行します。これが「パッケージのインストール」。

これで、chemobabel.sty not found はたぶん出なくなります。
aminophen への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- Edward Elric の投稿
　dockのシステム環境設定のなかのTeX Distributionの「TeXLive-2015」という存在は見つかりましたが，ダブルクリックしても何も起きません．
Edward Elric への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- aminophen の投稿
＞ダブルクリックしても何も起きません．
たま～にそういう人がいます。原因は分かりません。
（なんか MacTeX とお使いの OS のバージョンの相性が
悪いか、お使いのマシンが壊れているかなにか？）

作戦変更します。では TEXMFLOCAL に置くことは諦めてホームディレクトリ
（Edward Elric さんのユーザ名のフォルダ；Finder の左端のバーに表示され
ていますよね？）に「texmf」というフォルダを作ります。その下に先ほど言った
ように、tex を作って latex を作って chemobabel を作って中にファイルを
置いてください。今度はさすがに大丈夫なはず。
aminophen への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- Edward Elric の投稿
　すみません．新しくtexmfというファイルを作りその中にchemobabelファイルをコピーしたのですが，結果は同じでした．何度もすいませんが，どうするべきでしょうか．
Edward Elric への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- aminophen の投稿
＞texmfというファイルを作りその中にchemobabelファイルをコピーしたのですが

まず、「ファイル」と「フォルダ」という用語を私は区別しています。
これは一般的なパソコン用語の使い方だと思います。
（私は「フォルダ」という言い方が個人的に好きではないけど…）
多くの方もそういう用語を使っていると思います。
texmf
という「フォルダ」を作って、その中に
tex
という「フォルダ」を作って、さらにその中に
latex
という「フォルダ」を作って、さらにさらにその中に
chemobabel
という「フォルダ」を作って、その中に
chemobabel.sty
chemobabel-extract.tex
という2つの「ファイル」を入れてください、といいました。
aminophen への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- Edward Elric の投稿
　私自身の定義があいまいでした．しかし，前の私の返信での「ファイル」という言葉をしっかり「フォルダ」と「ファイル」という風に使い分けたなら，私が行ったことそのものは間違っていないとおもわれます（私自身が意識できていないだけで，きっとまた何か手違いを起こしたのではないのかと思うのですが）．その上で，何か原因を追及できませんでしょうか．
Edward Elric への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- aminophen の投稿
先ほどの返信では三段階フォルダを作ったか
どうかまではわかりません。ほんとうに
texmf から数えて
texmf → tex → latex → chemobabel
まで作ったのですか？
aminophen への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- Edward Elric の投稿
　検証してみてもらえますか？
Edward Elric への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- aminophen の投稿
先ほど
＞ホームディレクトリ
＞（Edward Elric さんのユーザ名のフォルダ）
＞に「texmf」というフォルダを作ります。
と教えましたが、texmf はどこにつくりましたか。
MacintoshHD → Users → あなたのユーザ名
と辿って行った場所が正解ですが？

「ホームディレクトリ」というのは大概そこです。
これもパソコン用語として知っておいてください。
aminophen への返信

Re: latex超初心者なのですが・・・

- Edward Elric の投稿
　パッケージをインストールする方法がやっとわかりました．あとは，使う際に必要な２つのソフトをどうにかすればいいということですね．それに関しては，自分の力でやってみたいと思います．これにて，この質問を終了させていただきます．
　今まで，ご丁寧にありがとうございました．