lualatex を使ってタイプセットすると数式が化けます。
(化け方は添付画像のとおり)
LaTeX [2016/02/01] がインストールされた環境です。
OS X Lion (10.7.5) でも OS X El Capitan (10.11.3) でも報告されています。
# 以下,テストソース名が luatexja-test.tex となっているのは
# 最初 LuaTeX-ja のアップデートが原因かなと勘違いしていたため。
===== ソース =====
% luatexja-test.tex
\listfiles
\documentclass{article}
\begin{document}
\[
F(x)=a+b+c
\]
\end{document}
==========
===== ログ =====
This is LuaTeX, Version beta-0.80.0 (TeX Live 2015) (rev 5238)
restricted \write18 enabled.
(./luatexja-test.tex
LaTeX2e <2016/02/01>
Babel <3.9n> and hyphenation patterns for 79 languages loaded.
(/usr/local/texlive/2015/texmf-dist/tex/latex/base/article.cls
Document Class: article 2014/09/29 v1.4h Standard LaTeX document class
(/usr/local/texlive/2015/texmf-dist/tex/latex/base/size10.clo))
(./luatexja-test.aux) [1{/usr/local/texlive/2015/texmf-var/fonts/map/pdftex/updm</div><div>ap/pdftex.map}] (./luatexja-test.aux)
*File List*
article.cls 2014/09/29 v1.4h Standard LaTeX document class
size10.clo 2014/09/29 v1.4h Standard LaTeX file (size option)
***********
)
259 words of node memory still in use:
2 hlist, 1 vlist, 1 rule, 2 glue, 39 glue_spec, 1 write nodes
avail lists: 1:1,2:12,3:11,4:40,5:1,6:17,7:1,9:8
<</usr/local/texlive/2015/texmf-dist/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmmi10.pfb><
</usr/local/texlive/2015/texmf-dist/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr10.pfb>
Output written on luatexja-test.pdf (1 page, 16833 bytes).
Transcript written on luatexja-test.log.
==========
原因はまだ調べておりませんが,現象の報告まで。