ご助力をありがとうございました。泰山鳴動ネズミ一匹とでもいうか、つまらない原因があり、それを除去すると思い通りに動きました。{99}と書いていても少なくとも150個ぐらいまでは面倒を見てくれるようです。
論文の前のバージョンでは{99}のままで問題なかったことを思い出し、件の[106]の文献表を見直してみました。すると¥bibitem etcの後に¥end{thebibliography}という思いがけないものが入っていました。その結果として、長い論文のためかどうかはわかりませんが、後でもう一度出てくるコマンド¥end{thebibliography}との「折り合い」で引用番号が[0]となって出てくような不可思議なことが起こったようです。
どうもお騒がせしました。