長文です
先日見つけてて不思議に思ったものの放置してたんですが
mdframed環境の内部の最初の段落だけ
字下げがなくなるという問題があります
（たぶん結構知られているとは思います）．
\documentclass{jarticle}
\usepackage{mdframed}
\begin{document}
\begin{mdframed}
字下げが消えた！
\par
ここにはあるぞ
\end{mdframed}
\end{document}
動作的に\@afterheadingとかの\setbox\z@\lastboxあたりが
\everyparあたりに入ってるんだろうとはあたりをつけてはいたところ
TeXConf2015で，この現象を知っていたmunepiさんから
示唆していただいたことを踏まえてmdframedを追いかけてみました．
幸いなことに先頭段落の字下げについてはTeXLive2015のrevision212と
githubにあるrevision215というのでは差はありません．
やっぱり\everyparに\setbox\z@\lastboxが入り込んでいるのですが，
欧文の場合，見出し直後は字下げしないことが多いので
実は意図的なものかもしれません．
また，mdframed環境の先頭にlist系環境がくる場合のことを
想定しているようにも思えます．
さて・・細かくみると，mdframed環境の内部を作る
\mdf@lrboxの中で\@afterheadingがコメントアウトされて
その前に\@afterindentfalseが入っています．
この\@afterindentfalseには実質上意味がないのですが，
そのあと\mdf@trivlistというmdframed版の\@trivlistに処理がわたって，
そこで\itemが発行されて\@inlabeltrueになります．
つまりmdframedの最初は\itemの直後とほぼ同じ扱いになって，
これによって，段落先頭の字下げが
\setbox\z@\lastboxで削除されます．
ですので\@inlabelfalseにすればいいのですが，
単純にそうすると今度はmdframedがlist系環境で始まると
エラーになってしまいます．
ですので，\everyparの中の先頭に\@inlabelfalseを挿入してみます．
\documentclass{jarticle}
\usepackage{mdframed}
\begin{document}
\makeatletter
\patchcmd{\mdf@trivlist}{\mdf@temp\relax}{\mdf@temp\relax\expandafter\everypar\expandafter{\expandafter\@inlabelfalse\the\everypar}}
\makeatother
\begin{mdframed}
字下げが消えた！
\par
ここにはあるぞ
\end{mdframed}
\end{document}
こうするとなんとか，
先頭にlist系環境があってもたぶん影響なく，
最初の字下げへの処置ができます．
ですが，
実はそもそも，先頭の字下げの処置をするしないにかかわらず
mdframed環境の先頭に
list系環境があって，そのあとに
普通の文がくるとlistとそのあとの地の文の間隔がなくなってしまいます．
\documentclass{jarticle}
\usepackage{mdframed}
\iffalse
\makeatletter
\patchcmd{\mdf@trivlist}{\mdf@temp\relax}{\mdf@temp\relax\expandafter\everypar\expandafter{\expandafter\global\expandafter\@inlabelfalse\the\everypar}}
\makeatother
\fi
\begin{document}
\begin{mdframed}
\begin{itemize}
\item aaaaaaa
\item aaaaaaaa
\end{itemize}
上の空きがないし字下げまでされてる！
\par
\begin{itemize}
\item aaaaaa
\item aaaaaaaa
\end{itemize}
空きがある！
\end{mdframed}
\end{document}
おまけに今度は先頭のlistの直後で字下げされます．
なぜかmdframed環境の先頭にlist系環境があると
\@noparlisttrueの状態でそのlistの終了処理の中の\endtrivlistまで進んで
ここでlist系環境の後ろに空きをいれたり，字下げの有無をしたりする
\@endparenvの処理が飛ばされます．
なぜ\@noparlisttrueの状態になるのか追い切れてませんが
\@endparenvを常に処理させるとなんとかなるようです．
\documentclass{jarticle}
\usepackage{mdframed}
\makeatletter
\def\mdf@@endtrivlist{%
\if@inlabel
\leavevmode
\global \@inlabelfalse
\fi
\if@newlist
\@noitemerr
\global \@newlistfalse
\fi
\ifhmode\unskip \par
\else
\@inmatherr{\end{\@currenvir}}%
\fi
\if@noparlist \else
\ifdim\lastskip >\z@
\@tempskipa\lastskip \vskip -\lastskip
\advance\@tempskipa\parskip \advance\@tempskipa -\@outerparskip
\vskip\@tempskipa
\fi\fi%%%%%%%
\@endparenv%%
}
\patchcmd{\mdf@trivlist}{\mdf@temp\relax}{\mdf@temp\relax\expandafter\everypar\expandafter{\expandafter\global\expandafter\@inlabelfalse\the\everypar}%
\let\endtrivlist\mdf@@endtrivlist}
\makeatother
\begin{document}
ああああああ
\begin{mdframed}
ああああああああ
\begin{itemize}
\item aaaaaaa
\item aaaaaaaa
\end{itemize}
\end{mdframed}
\end{document}
あんまりきれいな修正ではないですがなんとか動くようです．
もっとも想定し損ねているものがありそうでが．
それとTeXConf2015で話題に出ましたけど，
もうひとつ\prevdepthに関すること
（mdframedの終了時にが-1000ptになること）
もあるのですが，
これはrevision213と215で違うようで，
どうも215の状態が作者の意図なのかもしれない気がするのと
問題の理解と再現ができていないので，後回しにします．
＃tcolorboxの発表が大変素晴らしかったので
＃そっちの理解もしたかったり・・・