> LaTeX Warning: Unused global option(s)
> LaTeX Warning: Command ¥o invalid in math mode on input line 20.などが表示され
警告しか貼り付けられていませんが、「コンパイルできません」というからには何か
もっと critical な LaTeX Error が出ているのではないでしょうか？
MacTeX の新しいものをインストールして TeX 環境を一新したということは、従来の
パッケージから比べると幾つか変更点があるはずです。TeXShop も設定変更した
わけですから、今までとは違う結果になってもおかしくありません。だから、それが
「El Capitan 特有」だと考えるのではなく、TeX パッケージの仕様変更か TeXShop の
設定を弄ったことに起因すると考えたほうが筋が良いです。
TeX Live/Mac - TeX Wiki を見ても解決しないでしょう：あのページは Mac での
インストールとセットアップの方法だけを解説したところですので。
TeX Wiki の別のページに参考になる情報があるかもしれませんし、警告より深刻な
エラーメッセージを見出して Google 検索すると見つかるかもしれません。
分からなければ、ここにソースとログの両方を丸ごと貼り付けるのも一つの手です。
誰かわかってくれるかもしれませんし、わからないかもしれません。