Perl をおわかりになるのでしたら LaTeX2HTML を
カスタマイズすればよいわけですが，別の手としては
「HTML 化したい LaTeX 文書をいったん
『LaTeX2HTML が理解できる』LaTeX 文書に変換する」
という方法もあります．
# 手作業で行っても構いませんし，何か使い慣れた
# 言語（もちろん TeX のマクロというのもアリです）
# があればそれで変換ツールを作成しても構いません．
例えば，図を描いているところは eps 化しておいて，
「その画像の読み込み」を \includegraphics か何かを
直接用いるように書き換えればよいでしょう．
また，LaTeX2HTML などを用いる場合はもともと
「体裁が再現」などしないのですから，
数式の記述に関するこまごましたコマンドについては
見た目を気にせずに標準的に利用できるコマンドで
代替しても問題はないと思われます．
# LaTeX2HTML は「簡単な」マクロ定義は理解するので，
# コマンドによってはプリアンブルで再定義するだけで
# 済むかもしれません．
そのあたりは変換後の文書の使用目的などを勘案して
適宜判断なさるとよいのではないでしょうか．