エクスポートすると\begin{document}と\end{document}の改行コードが違う。
また、プリアンブルにコピペした改行も元のコードのままになってしまう。
影響はないようですが、何となく．．．
同じ状況がこちらで確認出来たので，Windows版の話と仮定します．
内部改行コードをCRLFに変更し，必要ならば変更をかますようにしてみました．なんだかあまり綺麗に処理できていないですが……
http://1drv.ms/1OdcISk
内部改行コードをCRLFに変更し，必要ならば変更をかますようにしてみました．なんだかあまり綺麗に処理できていないですが……
http://1drv.ms/1OdcISk
質問は Windows 版のことで合っています（質問者に確認済）。
コピー＆ペーストした場合の改行コードは無事修正されているようです。
先ほどアップしていただいた TeX2img の現在の改行コードを調べたところ
・直接入力（本文）：CRLF
・直接入力（プリアンブル）：CRLF
・インポート（本文）：CRLF
・インポート（プリアンブル）：LF
・エクスポート：CRLF
のように動作しているようで、あとはインポート時のプリアンブルの LF を排除できれば
内部コードがすべて CRLF に統一できるのではないかと思います。
# 間違っていたらごめんなさい。
コピー＆ペーストした場合の改行コードは無事修正されているようです。
先ほどアップしていただいた TeX2img の現在の改行コードを調べたところ
・直接入力（本文）：CRLF
・直接入力（プリアンブル）：CRLF
・インポート（本文）：CRLF
・インポート（プリアンブル）：LF
・エクスポート：CRLF
のように動作しているようで、あとはインポート時のプリアンブルの LF を排除できれば
内部コードがすべて CRLF に統一できるのではないかと思います。
# 間違っていたらごめんなさい。