「今回の改修で変更されたもの」と「plcore で上書されるもの」の共通部分を調べてみました。該当するものは以下のものだけでした。
%% 新LaTeX
\DeclareRobustCommand\em
{\@nomath\em \ifdim \fontdimen\@ne\font >\z@ \eminnershape \else \itshape \fi}%
%% 旧LaTeX
\DeclareRobustCommand\em
{\@nomath\em \ifdim \fontdimen\@ne\font >\z@ \upshape \else \itshape \fi}%
%% pLaTeX
\DeclareRobustCommand\em
{\@nomath\em \ifdim \fontdimen\@ne\font >\z@ \mcfamily \upshape \else \gtfamily \itshape \fi}
pTeX 標準配布に含まれるパッケージ・クラスについては未調査です。（恐らく nidanfloat あたりが怪しい？）
レジスタ割当ルーチンの拡張領域対応（大量に使えるようにする）については、e-(u)pTeX は「普通の e-TeX 拡張エンジン」として正常に動作します。つまり、「レジスタ 32768 個、数式ファミリ 16 個」となります。ところが、“FAM256 パッチ適用済の e-(u)pTeX”の場合、本来は「レジスタ 65536 個、数式ファミリ 256 個」が使えるはずです。このあたりの話を以下の記事にまとめています。